V skupinovom usporiadaní môžeme kombinovať vzpriamené druhy s previsnutými alebo krovité s políhavými. Spolunositeľom krásy Bonsai je nádoba. Väčšinou sa uplatní pálená keramika, samozrejme veľmi kvalitná. Najefektívnejšie sú dobre a do biela vypálené, glazované keramické nádoby. Rozhodne to nemôžu byť misky, aké sa často ako hrnčiarsky tovar objavujú a ktoré sa po krátkom čase pôsobením vody začnú rozpadať. Tvarove vyhovujúce sú nádoby podlhovasté, či už hranaté, alebo s čiastočne zaoblenými rohmi, prípadne eliptické. Nezavrhujeme však ani okrúhle, pokiaľ vyhovujú kvalitou. Veľkosť by mala byť v rozmedzí 20 x 30 cm až 50 x 70 cm a hĺbka od 10 do 15 cm.
Je samozrejmé, že nádoby menších rozmerov použijeme pre solitérne kusy a väčšie na viac spolu zasadených drevín. Pravé japonské bonsai nevyžaduje hlbšie nádoby, ale skôr plytšie. Nádoba sa musí smerom hore rozširovať, aby sa mohli rastliny s prevráteným koreňovým balom bez ťažkostí pri presádzaní vyklopiť.