Na dne nádoby musí byť otvor na odtok prebytočnej vody, ktorý pred plnením nádoby zeminou prikryjeme širokým úlomkom črepníka. Na to príde dolu 3 cm vrstva riečneho štrku, akoby drenáž.
Zeminu na plnenie namiešame z jedného dielu machovej rašeliny (prachová – nížinná je nevhodná), jedného dielu starej listovky, jedného dielu ornice, prípadne mačinovky (vhodná je aj zem z krtincov na lúkach) a jedného dielu preosiateho riečneho piesku.
Pri sadení sa snažíme, aby drevina mala koreňový kŕčok i najvyššie položenú časť koreňov vyššie nad okrajom nádoby. Mladé korene sa však musia prihrnúť kopčekom zeme.



Po vysadení sa ku Bonsai prikladá doplnkový materiál. Môžu to byť kúsky pohnitého pňa, kus hrubej kôry z borovice alebo duba, prípadne niekoľko vhodných kameňov, čím získava Bonsai charakter miniskalky. Ako doplnok sa môžu použiť k drevinám najmä skalničky z druhov rodu Sedum, Saxifraga, Androsace, Sempervivum a iné nízke druhy znášajúce sucho. Po vysadení môžeme pokryť povrch nádoby dočasne machom. No voľné miesta môžeme pokrývať nízkym machom aj natrvalo. Odlupujeme ho aj s vrstvičkou zeme na zatienených miestach záhrady. Keď majú skalničky priaznivé podmienky, uchytia sa.
Po vysadení alebo presadení dávame Bonsai do uzavretého, vlhkého a čiastočne zatieného prostredia. Vhodné je parenisko. Po 15 dňoch prestaneme zatieňovať, začneme fóliu nadvíhať, až ju napokon odložíme. Do úplného zakorenenia uplynú aj tri mesiace. Najvhodnejšie je obdobie na vysádzanie je jar – pri listnáčoch pred pučaním, konifery keď začnú pučať. Prvý rok vôbec nehnojíme. Druhý rok hnojíme v čase vegetačného obdobia vždy týždeň s dvojtýždňovou prestávkou 1% roztokom kombinovaných hnojív. Nikdy nehnojíme bez predchádzajúcej výdatnej zálievky vodou. Listnáče možno prihnojiť aj v čase vegetačného pokoja.